药物外治的理论与内治理论相同，所不同的是给药的途径、用药的方法的差异。其机理主要是内病外治，上病下取，药物经皮肤经络而达到病变部位，通过皮毛、腠理、经络气血的作用，调整相关脏腑组织的疾病，发挥其整体治疗作用。清代医家徐大椿曾说：“疾病由外入内，行于经络，脏腑者，必服药驱之。若病变部位已固定，或在皮肤、筋骨之间，可用膏贴之，使药性从毛孔而入其腠理，通经贯络，或将病邪提出，或散解病邪，较服药有力。”
李时珍《本草纲目》收载的《濒湖医案》佚案中有多则运用药物外治取效的验案。可见李时珍非常注重此法，临证亦经常巧施外治，屡奏其功，并对外治法作用迅速疗效独特的特点赞叹不已。
如《本草纲目·草部·第十七卷·蓖麻》载：“蓖麻仁，甘辛有毒热，气味颇近巴豆，亦能利人，故下水气。其性善走，能开通诸窍经络，故能治偏风、失音口噤、口目?斜、头风七窍诸病，不止于出有形之物而已。盖鹈鹕油能引药气入内，蓖麻油能拔病气出外，故诸膏多用之。一人病偏风，手足不举。时珍用此油同羊脂、麝香、鲮鲤甲等药，煎作摩膏，日摩数次，一月渐复。兼服搜风化痰养血之剂，三月而愈。一人病手臂一块肿痛，亦用蓖麻捣膏贴之，一夜而愈。一人病气郁偏头痛，用此同乳香、食盐捣熁太阳穴，一夜痛止。一妇产后子肠不收，捣仁其丹田，一夜而上。此药外用屡奏奇勋，但内服不可轻率尓。”蓖麻子甘、辛，平；有毒。归大肠、肺经。功能消肿拔毒，泻下导滞，通络利窍。主治痈疽肿毒，瘰疬，乳痈，喉痹，疥癞癣疮，烫伤，水肿胀满，大便燥结，口眼歪斜，跌打损伤。《本草纲目》言：“主偏风不遂，口眼?斜，失音口噤，头风耳聋，舌胀喉痹，齁喘脚气，毒肿丹瘤，汤火伤，针刺入肉，女人胎衣不下，子肠挺出，开通关窍经络，能止诸痛，消肿追脓拔毒。”但其有毒，“内服不可轻率尓”。李时珍以蓖麻为外用要药，取其消肿拔毒、走窜入络、辛散通痹的特性，广泛用治中风、肿痛、偏头痛、子宫脱垂等证，疗效迅速，屡奏奇勋。并介绍了“取蓖麻油法：用蓖麻仁五升捣烂，以水一斗煮之，有末撇起，待末尽乃止。去水，以沫煎至点灯不炸、滴水不散为度。”
大蒜性味辛温，归心、脾、肾经，有杀虫解毒、健胃止痢、消痈止咳的功能，《本草纲目·菜部·第二十六卷·葫》言：“大蒜捣膏敷脐，能达下焦消水，利大小便。贴足心，能引热下行，治泄泻暴痢及干湿霍乱，止衄血。纳肛中，能通幽门，治关格不通。”“尝有一妇，衄血一昼夜不止，诸治不效。李时珍令以蒜傅足心，即时血止，真奇方也。”《续名医类案》收载了此案，现代民间仍沿用此法治疗鼻出血。蒜泥敷贴足底涌泉穴，取大蒜宣窍通闭利五脏的功效，引火下行，祛除虚火，上病下治。可治疗虚火上炎导致的衄血、口腔溃疡、咳嗽牙痛等疾患。
同理，《本草纲目·果部·第三十二卷·吴茱萸》曰：“又咽喉口舌生疮者，以茱萸末醋调贴两足心，移夜便愈。其性虽热，而能引热下行，盖亦从治之义；而谓茱萸之性上行不下者，似不然也。有人治小儿痘疮口噤者，啮茱萸一二粒，抹之即开，亦取其辛散耳。”吴茱萸外贴涌泉穴，引火归元，现已成为临床上众所周知的常用外治法，广泛运用于高血压、口腔溃疡、衄血等病证。
外治法局部用药，还可使药物直达病所，从而发挥其局部快速治疗效果，李时珍亦积累了丰富的经验，在《濒湖医案》中予以体现，不少方法至今仍在临床中广泛应用。如炉甘石，甘，平。归肝、胃经，可明目去翳，且可收湿生肌，故常作眼科外用药。《本草纲目·石部·第九卷·炉甘石》曰：“炉甘石，阳明经药也。受金银之气，故治目病为要药。时珍常用炉甘石煅淬、海螵蛸、硼砂各一两，为细末，以点诸目病，甚妙。入朱砂五钱。则性不沾也。”“止血，消肿毒，生肌，明目去翳退赤，收湿除烂。同龙脑点，治目中一切诸病。”又如蚕沙亦可去风收湿，目病外用。《本草纲目·虫部·第三十九卷·原蚕》又云：“按陈氏经验方一抹膏，治烂弦风眼。以真麻油浸蚕沙二三宿，研细，以篦子涂患处。不问新旧，隔宿即愈。表兄卢少樊患此，用之而愈，亲笔于册也。时珍家一婢，病此十余年，试用之，二三次顿瘳，其功亦在去风收湿也。”
