基于整体观的中药复方现代研究目前面临二大瓶颈问题：一是“方－证－病”割裂的研究体系违背了中医药“整体观”；二是“基因－蛋白质－代谢物分离” 的研究模式缺乏“系统性”。包括单一的组学研究、不同组学数据没有较好地整合和关联，缺乏系统性和整体性，容易出现“碎片化”倾向；网络药理学把单一小分子药物看作扰动因素，注重“基因－蛋白质－代谢物”网络的整体刻画（“点－系统”模式），不完全适用中药复方（药物系统）的研究。因此，建立“系统（药物系统）－系统（生物系统）”研究模式是整体观指导下的中药复方研究新途径，具有极其重要的科学意义和广阔的应用前景。
同时，要重视中西评价体系的结合。包括两个方面：
第一，方剂疗效的评价要以中医理论为指导，加强中医证候评价的可量化、客观化、数字化研究，将中医证候评价指标、西医常规评价指标以及系统生物学等新的评价指标整合成为综合的评价体系。
第二，临床系统生物目标是建立整合生物标志物系统，应用于疾病早期预警、临床诊治以及药物评价等，整合生物标志物系统包括中医证候生物标志物群及系统生物学标志物群多个层面，系统生物学研究又可以包含基因、蛋白质等多个层次的标志物群。
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