“脑为元神之府”，语出《本草纲目·辛夷》。其文曰：“鼻气通于天。天者头也，肺也。肺开窍于鼻，而阳明胃脉环鼻而上行。脑为元神之府，而鼻为命门之窍。人之中气不足，清阳不升，则头为之倾，九窍为之不利。辛夷之辛温走气而入肺，其体轻浮，能助胃中清阳上行通于天，所以能温中，治头面目鼻九窍之病。”
目前几乎所有主张“脑主神明”者，都将此作为立论的重要依据，如姜唯在《略论脑主神明》中谓：“脑为元神之府，意即脑是人体精神思维活动所居之处，也就是脑主元神之义。”“元神，即是指人的高级精神活动。脑为元神之府，意指脑是人体高级精神活动所在的地方，也就是脑主神明的意思。”可见，之所以认为“脑为元神之府”即是“脑主神明”，乃是将“元神”作为“精神神志”的同义语所致。那么，“元神”之本义是否如此呢？
什么是元神
《中文大辞典》云：“元神，㈠大神，天神。颜延之《迎送神歌》：受釐元神。㈡道家语，谓人之灵魂。《化书》：得灏气之门，所以收其根，知元神之舍，所以收其光。”《汉语大词典》“元神”条所释之义项亦同。张伯端《青华秘文·神为主论》亦曰：“夫神者，有元神焉，有欲神焉。元神者，乃先天以来一点灵光也。欲神者，气质之性也。”刘一明《指南针》进一步说道：“其神即非思虑神，可与元始相比肩，是即所谓……元神也。精气神而曰元，人未有此身，先有此物，即有此物，而后无形生形，无质生质……包此一点之真，变化成形，已有精气神寓于形内……元神至灵至圣，主宰万事，知之可以延年益寿。”综此以观，“元神”的本义与“精神神志”了不相干。
详上引《本草纲目》之文，李时珍意在论述辛夷具有温中解肌，利九窍，通鼻塞的功能和作用，可以治疗“头面目鼻九窍之病”，并未涉及神志问题。而且“脑为元神之府”与“鼻为命门之窍”恰为对文，因此要弄清李时珍所谓“元神”之义，只要搞明白为何“鼻为命门之窍”，则“元神”之义不解自明。
命门与元神的关系
关于命门，李时珍在《本草纲目·胡桃仁》下有云：“三焦者，元气之别使。命门者，三焦之本原。盖一原一委也。命门指所居之府而名，为藏精系胞之物。三焦指分治之部而名，为出纳腐熟之司。盖一以体名，一以用名。其体非脂非肉，白膜裹之，在七节之旁，两肾之间，二系著脊，下通二肾，上通心肺，贯属于脑。为生命之原，相火之主，精气之府。人物皆有之，生人生物，皆由此出。”
详李时珍之意，是说命门位于七节之旁，两肾之间，为人体生命之本原，且“上通心肺”，而“肺开窍于鼻”，故云“鼻为命门之窍”。“命门”又“贯属于脑”，而脑居于头，属于天，故曰“脑为元神之府”。可见，李时珍所谓的“元神”与上引《中文大辞典》“大神”“天神”之义特别是刘一明所说的把握了元神，可使人延年益寿正相吻合。对此，李时珍在《本草纲目·山茱萸》“附方”之“草还丹”（由山茱萸、破故纸、当归、麝香组成）的功能主治说明可为之佐证：“益元阳，补元气，固元精，壮元神，乃延年续嗣之圣药也。”
从用药看李时珍对神活动的认识
李时珍是否将神志活动归属于脑，我们也可以从其治疗神志病变的用药中得以印证。如《本草纲目·脏腑虚实标本用药式》云：“心，藏神，为君火，包络为相火，代君行令。主血，主言，主汗，主笑。本病：诸热瞀瘈，惊惑谵妄烦乱，啼笑骂詈，怔忡健忘……”显然是将神志活动归属于心。在《本草纲目·主治》中又云：“人参，开心益智，令人不忘……远志，定心肾气，益智慧不忘……石菖蒲，开心孔，通九窍……山药，镇心神，安魂魄，主健忘，开达心孔，多记事……莲实清心宁神。”惊悸“麦门冬、远志、丹参、牡丹皮、玄参、知母，并定心，安魂魄，止惊悸……天南星，心胆被惊，神不守舍，恍惚健忘，妄言妄见……”可见，对于健忘、惊悸等神志病变，李时珍皆是从心论治，这从反面证实其并没有将神志活动归属于脑，而依然归属于心。
综上所述，仅凭“脑为元神之府”就认定李时珍已明确认识到脑与神志的关系，甚或神志活动由脑所主宰的说法，是难以成立的，也是站不住脚的。
