唐祖宣教授的学术思想是法于古籍精华，并基于此而创新，总体概括为注重阳气、因瘀致病、因病致瘀、痰瘀互结四个方面。
注重阳气
“天尊地卑，乾坤定矣。卑高以陈，贵贱位矣。”此言意指两个重要中医基本理论，即阳主阴从，阴平阳秘。阳主阴从指的是在阴阳的相互关系中，阳主导，阴从属。阴平阳秘中的秘，是封藏之意。
因瘀致病
瘀阻于心，可见心悸、胸闷心痛、口唇指甲青紫；瘀阻于肺，可见胸痛、咳血；瘀阻胃肠，可见呕血，大便色黑如漆；瘀阻于肝，可见胁痛痞块；瘀血攻心，可致发狂；瘀阻胞宫，可见少腹疼痛、月经不调、痛经、闭经、经色紫色成块，或见崩漏；瘀阻肢末，可成脱骨疽；瘀阻肢体肌肤局部，可见局部肿痛青紫。
因病致瘀
瘀血形成之后，不仅失去正常血液的濡养作用，而且反过来影响全身或局部血液的运行，产生疼痛、出血、经脉瘀涩不通，脏腑发生癥积，而导致的这些疾病又可以产生新的瘀血，以及“瘀血不去，新血不生”等后果。
痰瘀互结
痰饮是机体水液代谢障碍所形成的病理产物，黏稠者为痰，清稀者为饮。《金匮要略》首创痰饮病名，分为痰饮、悬饮、溢饮、支饮四类。痰饮与瘀血在临床上互为因果或者共同为病。津血同源，由水谷精微所化生，流行于脉内者为血，布微于经脉之外者为液，赖脏腑的气化作用，出入于脉管内外，互为资生转化，血以津液生，津以血液存。在病理状态下，津凝则为痰，血滞则成瘀，痰聚则血结，血凝则痰生，以致互为因果同病。
